המטרות הטיפוליות הראשוניות הינן השראת הפוגה בפעילות המחלה ושמירה עליה, שימוש בתכשירים בעלי תופעות לוואי מועטות ככל שניתן, מניעת סיבוכים ושיפור באיכות החיים. בשנים האחרונות נוספו מטרות טיפוליות חדשות ומאתגרות. נמצא כי יש חשיבות לריפוי מלא של הרירית החולה ולא רק להטבה בסימפטומים.